医学癌症TCGA-基因差异表达分析,组学大讲堂,Omicsgene,安生水,橙子红了没,omics007,因絮玄度,特别注意:
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本课程针对TCGA的公开数据,讲解如何筛选癌症相关数据,并下载基因、lncRNA、miRNA的表达数据以及对应的病人的临床数据。基于下载的表达数据,比较癌症组织和正常组织之间的表达差异,针对表达差异的基因,通过蛋白互作(PPI)和GO, KEGG功能富集进行基因功能分析。
具体内容包括:
1. TCGA项目和数据介绍
2. GDC网站使用详解
3. 下载TCGA数据的3种方式
4. 如何使用R方便快捷的从GDC下载TCGA的数据
5. 如何从转录组数据中提取蛋白编码基因的表达量
6. 如何从转录组数据中提取lncRNA的表达量
7. 基因,lncRNA, miRNA 差异表达分析,聚类分析
8. 蛋白互作网络分析
9. GO, KEGG 功能富集分析 适用人群:1. 医生,临床科研工作者
2. TCGA癌症数据挖掘人员
3. 生信分析人员