代谢组学数据分析(SIMCA-P),医学方,学习目标:
1.了解代谢组学的基本原理
2.学会如何安装使用 SIMCA-P
3.掌握OPLS-DA数据分析
4.学会代谢组学差异分析
5.掌握代谢通路可视化
6.学会化合物ID转化
课程特色:
目前关于代谢组学数据分析的工具比较很多,但是流行的数据分析软件就是SIMCA-P,因此本教程主要是基于SIMCA-P进行的数据分析,这里采用的是OPLS-DA模型(推荐),当然也可以是PLS-DA模型,差异分析采用了t检验。
Pathview package是一个专注于基因通路和代谢通路的可视化。更准确地说,这个包将通路的节点数据,按照确定的连接关系做可视化。注意一点,这个包不能用于执行任何这些分析。它仅用于可视化的目的。
CTSgetR package 是一个用于化合物ID转换的包,可以完成225个数据库ID的转换,如果你是做批量处理,这个包就可以帮你大忙。
在10节课过程中,我们尽量不浪费大家宝贵时间,只讲干货,手把手操作,代谢组学简介及SIMCA软件安装→SIMCA-PCA→ SIMCA-opls →t检验→代谢通路→ 通路可视化 → ID转换 一气呵成。
希望大家都能在这简短的几节课中熟悉代谢组学数据分析。
课程安排:
1.代谢组学简介及SIMCA软件安装
2. simca-PCA
3. SIMCA-opls
4. t检验
5.代谢通路
6.通路可视化
7.ID转化 适用人群:适合于所有医、药类研究人员以及生物信息初学者。