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群体基因组学,易生信陈同,群体基因组课程从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、群体基因组数据分析标准流程、基因组从头组装、基因功能注释、统计分析以及各类高级分析(进化树、连锁不平衡、种群分化与结构、GWAS等),和CNS级图片修改排版。 11 Linux基础 简介、优势、常用操作等 12 R基础 发展史、生物学中应用、ggplot2绘图 13 统计学基础 常用统计知识、方法和R语言的实现 14 群体基因组学 概念、发展史、研究中的应用、图表解析 15 重测序数据实战 从原始数据评估,比对 16 SNP鉴定 GATK、samtools和bcftools工具检测SNP 21 全基因组进化分析 系统进化树构建和iTOL在线美化 22 从头组装 重测序数据进行无参考基因组的从头组装 23 基因注释 基因预测,功能域预测,功能注释等 24 群体遗传学 概念、发展史、模型的介绍 25 群体分析1 遗传多样性参数计算 26 数据格式格式转换 vcf数据格式、plink数据格式的介绍与转换 31 群体分析2 Fst种群分化参数计算和PCA聚类分析 32 群体分析3 连锁不平衡分析和单倍型分析 33 群体分析4 种群结构分析 34 群体分析5 基因流分析 35 群体分析6 GWAS概念的介绍、发展史、应用案例分析 36 群体分析6 GWAS从头开始分析和上机操作 适用人群:生物方面学生,老师,教授等
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