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Gromacs基于生物体系模拟合集,天玑算-科研服务,授课方向 1、模型:蛋白,核酸,聚合物(均聚/共聚等) 2、性质计算:弱相互作用,结合能,伞形采样,牵引拉伸 3、结果分析: 1)动力学方向:均方根偏差(RMSD),均方根涨落(RMSF);溶剂可及表面积(SASA),回旋半径(Rg);氢键以及氢键寿命,径向分布函数(RDF),空间分布函数(SDF);相互作用能,结合自由能+能量分解,自由能垒(PMF) 2)量化方向:相互作用指示函数(IRI),IGMH,ELF,LOL,ESP,HOMO/LUMO等 适用人群:初学者
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