数据上传NCBI(生物信息),组学大讲堂,安生水,omics007,生信小生,橙子红了没,特别注意:
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文章投稿时,常常需要将用到的二代测序数据上传至公共数据库,获取数据accession并体现在文章中。
比较常用的数据库有两个,NCBI的SRA数据库主要是存储二代测序原始数据的数据库,而GEO数据库针对的主要是基因表达数据(处理后的数据)。
本课程以转录组和微生物16S的数据为例,演示如何向上述两个数据库上传数据,通过学习可以轻松掌握该项技能。其他类型数据大体流程类似,但某些步骤细节略有不同。
课程具体内容条目如下:
1.1、BioProject创建
1.2、Biosample创建
1.3、fastq数据上传SRA数据库
2.1 GEO账号信息完善以及上传整体思路
2.2 GEO 上传数据准备与归纳
2.3 GEO数据上传与邮件书写 适用人群:需要将二代测序数据(转录组、微生物16s)上传至NCBI上以获取accession的相关人员