微生物OTU网络图绘制(Cytoscape),组学大讲堂,Omicsgene,omics007,生信小生,因絮玄度,橙子红了没,特别注意:
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课程主要内容为:利用软件Cytoscape以及多种分析方法对微生物测序数据中的OTU数据文件绘制网络图,涉及OTU和样品二分网络和OTU互作网络(共现性网络或相关性网络)。其中二分网络主要反映样品及其所属的OTU类别,同时反映OTU的相关权重等;而OTU互作网络主要是探究OTU之间的相互作用关系,揭示环境或其他样本中,不同OTU之间作用类型。
1、OTU与样品二分网络图(Cytoscape)
课程必读
介绍与数据
网络图绘:制操作与步骤
2、MENA:OTU互作网络分析(在线分析)
介绍与数据
MENA:操作过程(在线分析)
MENA网络可视化(Cytoscape)
3、CoNet:OTU互作网络分析(Cytoscape)
介绍与数据
CoNet:操作步骤(上——网络分析)
CoNet:操作步骤(下——网络可视化与聚类分析CytoCluster)
4、SparCC:OTU互作网络分析(Python)
介绍与数据
SparCC:操作步骤(linux运行命令)
SparCC可视化与聚类分析(CoNet与CytoCluster) 适用人群:学生、科研人员、大学、微生物测序、OTU网络、Cytoscape