医学癌症TCGA-甲基化生存分析,组学大讲堂,Omicsgene,omics007,橙子红了没,安生水,特别注意:
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本课程以文章《A five DNA methylation signature act as a novel prognostic biomarker in patients with ovarian serous cystadenocarcinoma》为参考,重现其分析内容。
注意:本课程需要有R语言基础,没有R语言基础的同学请先学习我们的R语言课程《R语言基础与绘图(生物信息)》: https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1209073807&share=2&shareId=400000000234009
主要分析内容包括如下几部分:
1. 文献解读
2. TCGA-甲基化数据下载
3. TCGA-临床数据下载
4. 临床数据预处理
5. 合并甲基化数据
6. Cox单因素及鲁棒性分析
7. Cox多因素分析
8. 生存模型优化
9. 生存模型验证
10. 生存相关图片的绘制
11. 模型独立性评估 适用人群:1. 医生,临床科研工作者
2. TCGA癌症数据挖掘人员
3. 生信分析人员