2025年单菌基因组数据分析,宋红卫ykt47571819202077187,本课程利用全基因组测试(WGS)数据及生信方法,旨在研究:属于单个微生物物种 (Intra-specific)的特征菌株或病原体毒株基因组。 具体是:围绕细菌、病毒或真菌基因组的第二/三代测序数据 (单个或多个分离株,每株分别测序或重测序),完成基因组组装、基因注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源。 课程的测试数据来自细菌,但其分析框架也大体适用于病毒、真菌和原生生物。以上物种,具有一般的微生物学特征:个体小、增殖快、易传播;常为单倍体,基因组小;世代周期短,进化/演化迅速。以上特征,使其数据分析具有相似的理论依据和研究目标,例如有条件在单个课程内完成:从头组装 + 重测序分析;构建三类进化树 (普通系统发育树、时间树和传播树)。 课程中,原理与实操并重,包括:基本概念、研究案例、采样原则、数据分析、图表输出和结果解读。 适用的人群:微生物学、进化生物学、传染病/流行病学、临床微生物检验、公共卫生领域 (疾控中心)的相关学生或研究人员。 本课程的技术与理论体系,也有助于微生物实验室/课题组:建立系统的基因组分析流程,完善质量管理体系,培养相关生信人才,提示软件、流程及数据库的开发方向和评估方法。 适用人群：适用的人群:微生物学、进化生物学、传染病/流行病学、临床微生物检验、公共卫生领域相关学生或研究人员。