WGCNA-加权基因共表达网络分析,组学大讲堂,Omicsgene,因絮玄度,橙子红了没,omics007,特别注意:
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WGCNA(加权基因共表达网络分析)可是说是一种对基因表达数据进行的高级分析方法,是利用转录组数据冲击高分文章的有效手段。利用基因表达数据,构建出加权的基因共表达网络,从而挖掘协同表达的基因模块,探索基因模块与性状之间的关系。该课程主要介绍WGCNA分析原理和对应的分析代码编写操作演示,通过实际的操作过程学会WGCNA分析。
1 WGCNA 原理介绍
关系矩阵介绍
邻接矩阵介绍
TOM矩阵介绍
如何设定阈值确定最佳共表达网络
模块与样品性状(临床数据)联合分析
基因共表达网络可视化
基因共表达网络数据输出
2.1 WGCNA代码演示与讲解(上)
相关数据、WGCNA R包安装、路径设置
载入数据注意事项及相关分析
构建基因网络并建立模块
2.2 WGCNA代码演示与讲解(下)
模块与性状数据联合分析
基因网络可视化
基因网络数据输出
2.3 WGCNA代码要点与绘图
总结代码要点
利用Cytoscape绘制网络图 适用人群:研究基因表达调控的老师、医生、学生等